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ただし、青函トンネルを通る蟹田～木古内間の特例は北海道新幹線開業まで。開業直前の3月22日から「地上設備最終切替」が行われるため、同区間の在来線旅客列車はすべて運休となる。北海道新幹線新青森～新函館北斗間が開業する3月26日以降、「青春18きっぷ」の利用可能区間も変更に。江差線木古内～五稜郭間は道南いさりび鉄道へ経営移管され、「青春18きっぷ」で乗車できなくなる。

これを受けて、新たに「青春18きっぷ北海道新幹線オプション券」が発売されることになり、別途購入して「青春18きっぷ」と一緒に提示することで、北海道新幹線奥津軽いまべつ～木古内間、道南いさりび鉄道木古内～五稜郭間にそれぞれ片道1回乗車できるという。奥津軽いまべつ駅との接続駅は津軽線津軽二股駅。北海道新幹線では普通車の空いている席を利用できる。道南いさりび鉄道線内の途中下車は不可となる。